Com a deflagração da operação “Masmorras Abertas” e os resultados das investigações, o Ministério Público do Ceará (MPCE) cobrou um forte posicionamento do Governo no sentido de fazer significativas alterações na administração do Sistema, demanda essa, que começou a ser atendida, consolidada inicialmente com a instituição da nova pasta, que passará a ser Secretaria da Administração Penitenciária (Seap). A segunda medida acontece com a vinda do interventor Mauro Albuquerque para comandar a Seap, sob a tutela da cúpula da Secretaria da Segurança Pública e Defesa Social, através do titular da Pasta, delegado federal  André Costa e do secretário-adjunto,  coronel PM Alexandre Ávila, que trabalharam juntos para a aprovação do nome do secretário. As mudanças na estrutura do Sistema Penitenciário do Estado podem ser ainda mais radicais, pois a formação do grupo que atuou na vinda de Mauro Albuquerque, até então secretário de Justiça no Rio Grande do Norte, será constituída por agentes penitenciários, um delegado de Polícia Civil e de um Oficial do alto escalão da Polícia Militar. Isso provocará a indicação de nomes deste núcleo para assumir os cargos de direção e controle local. Isto significa que setores, antes ocupados tão somente por servidores penitenciários da própria Sejus, passarão a ser tomados por policiais advindos da cúpula da SSPDS, controlando assim pontos estratégicos da pasta.